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Si ya ajustaste las punterias checa que aceite estas usando lo recomendado es 5w30 a lo mejor el que usas es demaciado grueso por eso hace ese ruido en los hondas viejos a veces ese ruido de punterias es normal por el desgaste natural del motor pero nada para alarmarse
No es muy recomendable achaparrar los civic de por si son bajos a parte va tender a bricotear y en los bordos altos va a rosar yo te recomendaria que le pongas defensas mas anchas de lo normal y estribos lo que se llama " body kit" para simular que lo achaparraste asi no danarias las suspencion...
La válvula iac por lo regular se llena de ollin con el tiempo y mala calidad de gasolina por lo regular en tiempo de frio falla por que el aire es mas denso al ser mas espeso batalla para pasar por los pequenos ductos de la valvula mas si esta llena de ollin pero al calentarse el motor quiero...
Posiblemente tienes una fuga interna de coolant o sea que se esta llendo hacia el motor y eso que se escucha es cuando se vacia el radiador y el deposito. Posiblemente este roto el empaque de la cabeza tambien por eso hierve el coolant aunque no este caliente la presion de los pistones se esta...