Compatibilidad de caja y motor

[Nepq94]

Buenos dias amigos. Tengo una duda mi vehiculo honda civic ex 2000 le compre un motor con la caja estandar pero vino con caja automatica y el mio es sincronico, sera que si le pongo mi caja sincronica a ese motor que ha funcionado con caja automatica, me dara problemas? Muchas gracias de antemano el motor que compre es un d16y8